Johan giunge all'Accademia dei Duellanti nell'episodio 106, praticamente appena all'apertura della III stagione dell'anime.
La prima persona con cui fa conoscenza una volta giunto all'Accadema è proprio Jyudai, un ragazzo molto speciale che avrebbe cambiato la sua vita. Johan si era perso e rincorrendo Ruby si era imbattuto in un ragazzo che gli somigliava, anche lui insieme allo spirito di un mostro, Kuriboh. I due ragazzi si intendettero subito alla perfezione, entrambi vedevano gli spiriti da sempre ed inoltre avevano caratteri affini. Jyudai dovette scappare via perchè stava per cominciare la cerimonia d'apertura del nuovo anno, e Johan rimase solo soletto. Nessuno dei due sapeva chi fosse l'altro, Jyudai non sospettava che Johan fosse un duellante, e una volta rivistolo, rimase di stucco nel constatare non solo che quello strano tipo duellava, ma che era il migliore dell'Accademia del Nord! Il Professor Cobra aveva organizzato un duello per innaugurare l'anno (che sarebbe stato il primo di una lunga serie) e i due duellanti prescelti erano proprio Jyudai e Johan.

Ovviamente i due non stavano nella pelle e il loro duello fu memorabile.
Jyudai scoprì per la prima volta cosa significava duellare con una persona tanto simile a lui in tutto e per tutto, e come se non bastasse, aveva anche la sua stessa concezione dei mostri, ossia non come carte ma come qualcosa di più importante. Per Jyudai questo "qualcosa" erano gli amici, per Johan invece, la famiglia. Esatto, Johan considera i suoi mostri come la propria famiglia, tiene a loro in modo talmente speciale da tenerne solo sette nel deck e non sacrificarli mai per evocare nient'altro. La storia di questi sette mostri, infatti, spiega perchè per Johan sono tanto importanti.
E' Ed a raccontare a Manjyome e agli altri che anni prima Pegasus aveva assistito al match di un ragazzo molto speciale, ed in quell'occasione aveva con sé le Bestie Cristallo, che avevano avvertito una risonanza col ragazzo. Quelle rarissime carte dei sette colori dell'Arcobaleno, bramate da tantissima gente, erano stati regalati al ragazzo prescelto da esse. Esatto, erano state proprio le carte a scegliere Johan come loro legittimo possessore, e da qual momento non si erano mai più seprarate da lui.
C'è però ancora una carta che manca a Johan per completare il deck, si tratta del Drago Arcobaleno, il più grande, meraviglioso mostro che il ragazzo brami sin dai tempi in cui Pegasus gli parlò per la prima volta di esso. L'antica tavola egizia del Draho non era ancora stata rinvenuta e Johan la stava cercando da tanto tempo, in quanto non appena fosse stata ritrovata, Pegasus avrebbe subito provveduto a realizzare la relativa carta, che ovviamente, sarebbe stata sua.

Tentando invano di evocare il drago, Johan perde il duello contro Jyudai... però non ci è affatto rimasto male, anzi! Si è divertito moltissimo e spera di poter presto chiedere una rivincita. Jyudai, dal canto suo, è rimasto molto colpito da Johan e da quel giorno i due diventano amici per la pelle, al punto di dividere insieme l'intera giornata (ovviamente duellando, parlando di carte e strategie, comprando bustine e similI XD).
La loro amicizia cresce sempre di più, al punto che Sho diventa geloso di Johan, che però ricambia il sentimento negativo salvandogli la vita quando era nei guai, durante il duello contro Austin, che aveva legato Sho e l'aveva appeso in cima ad una scogliera, facendogli rischiare la vita per spstenere un duello contro Jyudai. Da quel momento, Sho accetta di buon grado Johan. Dopo il duello (ovviamente vinto) contro Austin, Jyudai avverte però un malore, e viene portato in infermeria, dove rimane a dormire per lungo tempo. Johan è molto preoccupato per lui e si chiede se con tutta la stanchezza accumulata, non sia il caso per l'amico di smettere per un po' di duellare, ma Jyudai, sprezzante, se ne frega di tutto, salute compresa, e non si fa problemi a continuare con i duelli. Johan però non gli permette di stancarsi troppo e gli sta sempre accanto, duelando al posto suo quando è necessario ed appoggiandolo in ogni momento.
In realtà il vero problema di Jyudai è Yubel, una carta della quale si era involotariamente liberato tempo prima credendola pericolosa e che adesso era tornata giurando vendetta.

Lo scopo di Yubel non era però quello di fare direttamente del male a Jyudai, non voleva ferirlo nel corpo ma nell'anima, così fece tutto il possibile per farlo soffrire, privandolo di ogni sua fonte di goia.
Trasportò l'Accademia in un'altra dimensione ove i mostri erano tangibili e potevano quindi essere visti e toccatio da tutti, ma allo stesso tempo erano però estremamente pericolosi, infatti uscendo fuori dall'Accademia si rischiava di finire fatti a pezzi da qualunque creatura!!
Johan fa del suo meglio per aiutare Jyudai e gli altri a scoprire cosa si nasconde dietro a tutto questo, ma sfortunatamente tutto ciò che può fare è solo duellare per salvare chi viene attaccato dai mostri, e cercare provviste e medicinali all'infuori dell'Accademia, insieme ai tre compagni venuti dalle altre tre estremità della terra, e a Jyudai stesso, che non si tira mai indietro davanti a niente.