Se c'è qualcosa che in questa serie possiamo definire "speciale", quel qualcosa è il rapporto tra Johan e Jyudai.

Fin dal loro primo incontro, i due ragazzi si sono subito trovati a loro agio insieme, e pur non sapendo chi era l'uno e chi era l'altro, hanno stretto una grande amicizia, che si protrarrà per sempre.

Come mai Jyudai ha subito legato con uno sconosciuto?

Beh, forse perchè ha trovato in Johan tante piccole cose che possiede lui stesso, perchè si è reso conto di aver davanti a sé un ragazzo che gli somiglia. Sino a quel momento, infatti, Jyudai è sempre stato considerato un po' "strano" dalla gente, in quanto è capace di vedere e parlare con gli spiriti dei mostri, cosa che non tutti possono fare. Anche Johan possiede questa sua stessa capacità, ed è proprio l'incontro con Ruby che cambia le sorti del destino dei due, facendo scoprire a Jyudai e a Johan che esiste qualcuno la cui situazione è molto, molto vicina alla loro.
Jyudai riesce a vedere gli spiriti fin da quando era bambino, e lo stesso vale per Johan. Ma non è tutto, i due sono anche duellanti folli e scatenati che fanno dei duelli la loro ragione di vita e di gioia, mettono il cuore nelle carte e credono nei loro mostri considerandoli non semplici carte ma parte della loro vita! In questo vi è però una piccola differenza:

Jyudai considera i suoi mostri come amici, mentre Johan li considera la propria famiglia.

Ciò non significa certo che Jyudai vuole meno bene a Kuriboh e agli altri, però Johan è attaccato a loro al punto da non sacrificare mai nessun mostro in nessun turno, neanche per evocarne uno di livello superiore!
Johan ama i suoi mostri al punto da non considerarli mai come carte, in nessun momento. Quindi si incavola se l'avversario utilizza una carta che può distruggerglieli mentre li ha ancora in mano e fa il diavolo a quattro per affrontare faccia a faccia i mostri avversari, senza mai distruggere la mano all'opponente (ovviamnete la cosa non vale quando è sotto il controllo di Yubel e diventa bastardissimo con chiunque).
Jyudai apprezza molto questo lato di lui e si diverte a duellarci. I due trascorrono tantissimo tempo insieme, sia a duellare che a divertirsi, non c'è attimo della giornata che non condividano. Questo ovviamente suscita subito le gelosie di Sho, che sino a quel momento era stato la persona più vicina a Jyudai. Il ragazzino si rende conto che volere bene all'amico e riuscire a comprenderlo sono due cose diverse, ma non per questo lui è da meno di Johan, ed infatti imparerà ad accettare anche il duellante dell'Accademia del Nord, che oltretutto si fa in quattro per salvarlo da morte certa dopo l'imboscata di Austin, in cui Sho era rimasto legato come un salame su una scogliera e la cui vita era appesa ad un filo (in tutti i sensi). Anche in questa occasione, Jyudai sa che può fidarsi di Johan e duella tranquillamente contro Austin, affidando l'amico al ragazzo e a Kenzan.

La loro amicizia cresce sempre di più ed i ragazzi scomprono sempre più cose l'uno sul conto dell'altro. Jyudai cerca con tutte le sue forze di aiutare Johan nel ritrovamento del Drago Arcobaleno, che gli permetterà di completare il suo deck di Bestie Cristallo, e Johan combatterà al suo fianco tantissime battaglie per la salvezza sia dell'Accademia che dei suoi amici. Più volte i due si trovano a fare dei doppi duelli, dove ovviamente, si intendono a meraviglia e cooperano in modo ottimale.
Dopo il primo duello contro Yuebl, però, Johan si sacrifica per sconfiggerla e scompare. Jyudai pensa che l'amico sia morto e da qual momento impazzisce diventando prima un vegetale, poi un duellante fallito (con la paura di perdere sempre qualche compagno) ed infine il Signore Supremo, dove perde totalmente il controllo di sé stesso e delle sue azioni.
Per sconfiggere Yubel e riportare l'Accademia (che era stata trasportata dal mostro in un mondo in cui i mostri delle carte erano diventati visibili e tangibili) ed i suoi amici indietro, Jyudai raccoglie le forze e grazie anche all'aiuto di Sho e gli altri riesce a superare il dolore per la perdita di Johan e a guardare avanti... almeno sino al momento in cui, ormai vicino al palazzo in cui giace Yubel, non scopre che Johan è ancora vivo.
Jyudai non riesce a credere ai suoi occhi, ma non fa in tempo a rallegrarsene che si trova nuovamente faccia a faccia con una terribile realtà. L'amico è stato posseduto da Yubel ed ha perso la sua coscienza, quindi adesso è il mostro che agisce dentro al corpo di Johan, mentre l'anima del ragazzo non si sa dove sia.
Jyudai non vuole assolutamente perdere di nuovo il compagno, e sia per vendicare il kaiser, che per salvare i suoi amici e Johan, accetta la sfida di Yubel e combatte contro il suo compagno preferito, che adesso è diventato a dir poco irriconoscibile, in tenuta dark e con atteggiamenti e modi di parlare cattivi e senza cuore.

Ma Jyudai non si arrende e anche se non sembra esserci speranza, dentro al suo cuore sa che da qualche parte l'anima di Johan ancora esiste, bisogna soltanto trovarla! Quindi quale posto migliore della carta del Drago Arcobaleno? Ovviamente Jyudai ha indovinato e l'anima di Johan è addormetata lì dentro. Grazie all'aiuto delle bestie Cristallo (che volevano assolutamente salvare il loro adoratissimo proprietario) e alla sua forza d'animo, Jyudai batte Yubel e salva Johan, risvegliando la sua cosicenza sopita e riportando indietro l'amico una volta per tutte. Una volta ripresosi Johan è debole, e non può quindi seguire Jyudai nel combattimento finale contro la perfida Yubel. Però mai e poi mai lo lascerà solo, infatti gli chiede di portare con sé il suo deck di Bestie Cristallo e di ricordare sempre che non è solo, perchè con lui c'è il cuore dei suoi compagni! Jyudai accetta di buon grado e porta con sé il deck.

Al termine di questa saga, Johan fa ritorno alla propria Accademia; del resto il suo scopo era confrontarsi con i duellanti dell'isola e trovare il Drago Arcobaleno, entrambe le cose erano state fatte. Tornerà nell'ultima parte della storia, in cui Jyudai e gli altri devono vedersela con Fujiwara ed il suo seguito. Ecco che nuovamente i due combatteranno in tandem e daranno sfoggio della loro grande empatia, duellando insieme e facendo trionfare la giustizia battendo il compagno e salvandolo.
Johan sa bene che una volta diplomato, Jyudai andrà via e partirà per un viaggio che lo porterà ad affrontare i duellanti più forti del mondo, e per questa ragione fa coraggio ad Asuka, che disperata, pensa che non rivedrà mai più l'amato.
Johan la consola e con tono deciso le rammenta che in quegli anni la persona che più di tutte è cambiata è sicuramente Jyudai, che è maturato sia come duellante che come persona, e per questo poteva star certa che non sarebbe scomparso, perchè l'avrebbero sicuramente rivisto.